会聚众心 | 建立滤纸干血斑用于脊髓性肌萎缩症基因筛查方法
发布日期:
2022-09-08

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会聚众心 | 建立滤纸干血斑用于脊髓性肌萎缩症基因筛查方法



导语

近日,来自北京大学第一医院儿科杨艳玲教授、东莞市妇幼保健院产前诊断中心付有晴教授及深圳罕见病代谢组学精准医学工程研究中心杨江涛教授等一系列专家采用深圳会众生物自主研发的SMN1检测试剂盒,建立了滤纸干血斑用于脊髓性肌萎缩症基因筛查方法。该成果发表于罕少疾病杂志,探索发现滤纸干血斑可用于新生儿SMA筛查,为现有新生儿筛查体系下增加SMA筛查提供了技术基础。





★ 背景 


脊髓性肌萎缩症(SMA)是一种常见的由脊髓前角细胞运动神经元退化变性所导致的常染色体隐性遗传性神经肌肉疾病。已知95%以上的SMA患者为SMN1外显子7纯合缺失所致。


既往由于缺乏基因修正治疗药物,使得国内SMA新生儿筛查落后于发达国家,大量的SMA患儿被延误诊断,未能得到有效治疗,导致瘫痪儿童期死亡率高。随着诺西那生钠被正式纳入医保,大力推动了我国SMA新生儿筛查的开展。


能否采用滤纸干血斑标本进行基因组DNA提取并应用于SMN1基因检测,是能否顺利开展新生儿SMA基因筛查的必要前提。基于这样的背景下深圳会众生物和多位临床专家合作开展滤纸干血斑用于新生儿SMA筛查的可行性,以寻求适用于临床大规模人群的SMA基因筛查方法。





★ 研究内容 


该研究采集了来自不同医院或研究中心共165例样本,其中新生儿干血斑标本40份,不同保存时长的新生儿干血斑103份,新鲜采集的EDTA抗凝血5份,新鲜采集并经冷链运输48~72h的EDTA抗凝血10份,-80℃超低温冷冻保存1~2年的EDTA抗凝血7份。抗凝血标本还需要进行干血斑的制备。


使用打孔钳从干血斑标本采样圈中打取不同面积的血片收集在1.5mL离心管中,采用会众生物DNA提取试剂盒进行基因组DNA提取,然后采用会众生物SMN1检测试剂盒,通过多重PCR结合荧光探针技术,对SMN1外显子7拷贝数进行检测分析。


同时还进行新生儿干血斑标本保存稳定性测试, 选取4℃避光保存1个月、3个月、6个月、12个月和24个月的新生儿干血斑标本各20份,其中保存时长为1个月的组别中增加2份阳性标本(SMN1基因外显子7杂合缺失型),保存时长为6个月的组别中增加1份阳性标本(SMN1基因外显子7杂合缺失型)。每份标本分别使用打孔钳打取最低起始用量的干血斑,提取基因组DNA,检测SMN1,评价用于SMA基因检测时新生儿干血斑标本冷藏保存的稳定性。





 研究结果 ★



(1)不同面积干血斑样本均能检测SMN1基因,仅使用1片直径4mm的干血斑所提取的基因组DNA纯度(2.54~5.71ng/μL)即可满足SMN1检测要求(2~180ng/μL),与2片直径为3 mm的干血斑相比,1片直径为4 mm的干血斑也可稳定检出SMN1基因型。


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(2)新生儿干血斑标本保存稳定性良好,对不同保存时长的新生儿干血斑标本打取1片直径4 mm的干血斑,所提取的基因组DNA浓度与纯度均满足SMN1检测要求,均可稳定检出SMA基因型。


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(3)研究还发现运输保存条件对检测几乎无影响,新鲜采集并经冷链运输48~72h的EDTA抗凝血及-80℃超低温冷冻保存1~2年的EDTA抗凝血所制备的干血斑标本,DNA浓度与纯度均满足SMN1检测要求,可稳定检出SMA基因型。


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★ 结语 ★


本研究建立了一种干血斑基因组DNA自动化提取方法,并根据临床基因检测项目的实际情况,模拟设计了各种检测条件,包括干血斑最低起始用量、新生儿干血斑标本不同保存时长、EDTA抗凝血的不同运输与保存条件等,提取各类干血斑样本基因组DNA,并验证SMN1检测的准确性与稳定性。即1片直径4mm的干血斑即可满足SMN1检测要求,大大降低了样本采集、保存和运输的难度和复杂程度,有利于开展大规模人群筛查,为现有新生儿筛查体系下增加SMA筛查提供了技术基础。